男女主角的技能差异主要体现在攻击类型和将灵培养路线上。男主角默认属于物理攻击类型，适合搭配蜀国双关羽或群雄双吕布等物理输出流派；女主角则为法术攻击类型，更适配魏国双曹操、吴国双周瑜等法术系阵容。这种设计要求玩家在组建队伍时需注意主角性别与主力武将的攻击类型一致性，否则将灵培养会出现资源分散问题，后期可能损失数万攻击力。
从技能机制来看，男主角的物理攻击特性使其更倾向于爆发型输出，例如关羽的七进七出技能会消耗生命值换取高额物理伤害；而女主角的法术攻击则多表现为群体伤害或控制效果，如貂蝉的绝世美姬能对敌方施加灼烧状态并降低攻击力。这种差异直接影响阵容构建策略，物理系阵容侧重单点突破，法术系阵容则强调持续压制。
将灵系统进一步放大了性别差异带来的影响。由于将灵加成针对特定攻击类型，选择男主角需集中强化物理攻击相关属性，女主角则需优先提升法术强度。若混搭不同攻击类型的武将，会导致将灵资源分配效率下降，这也是新手容易忽略的关键点。部分流派如群雄张角流、蜀王包二奶流仅适合女主角，而双吕布流则更适配男主角。
男性主角的被动技能多增强生存或暴击属性，例如张飞的破敌之舞通过消耗生命提升防御；女性主角的被动则偏向功能辅助，如步练师的凝火风遁能为团队提供闪避效果。这种设计使不同性别主角在团队中的定位自然区分，男性更适合担任主攻手，女性则倾向于控场或辅助输出。
从长远发展角度看，性别选择需结合国家阵营决策。魏国、吴国因核心武将多为法系而推荐女主角，蜀国和群雄则因物理系强势更契合男主角。部分特殊玩法如发丘摸金或百骑劫营对主角攻击类型有隐性要求，这需要玩家根据实际战斗反馈调整培养策略。
