神兽作为稀有且强大的宝可梦，分布在游戏各个特殊区域。最早可遭遇的是三神鸟：闪电鸟位于枯叶市附近的无人发电站深处，电属性使其具备高特攻能力；火焰鸟栖息在一号岛灯火山山顶，火/飞行属性需用岩石或水系技能应对；急冻鸟则藏匿于双子岛最深处，需用推岩石的方式挡住瀑布水流才能发现，冰/飞行属性建议携带火系宝可梦削弱其HP。这三只神兽分别代表了电、火、冰三种元素属性，捕捉时需准备高级球或利用状态异常技能提高成功率。
超梦作为剧情核心神兽，需在通关后前往超梦山洞最深处捕捉，其超能力属性要求玩家提前培养恶系或幽灵系宝可梦进行克制。一周目还可捕获三圣兽中的水君，若初始选择小火龙，击败四大天王后它会在关东地区草丛随机出现。二周目扩展了更多神兽获取途径：洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，超能/飞行双属性建议用岩石系克制；凤王则在同一岛屿左侧区域出现，火/飞行属性需注意其高爆发伤害。迪奥西斯需在九岛完成拼图后触发，而三神柱中的冰神柱可通过双子岛滑冰场的特殊机关遭遇。
急冻鸟的冰冻光线具有强控场能力，建议携带防冻装备或使用火系技能快速压制；闪电鸟的电系招式可被地面系完全免疫，但需警惕其高速行动；火焰鸟的灼烧效果可能影响战斗节奏，及时使用解状态道具很关键。所有神兽战前都应储备50个以上高级球，并将目标HP削弱至红色区域，配合麻痹或睡眠状态可将捕获率提升至最优。部分神兽如古拉顿需在一号岛火焰山地下捕获，土属性要求玩家携带高耐久的草系或水系宝可梦。
神兽的阵容搭配直接影响后期战斗效率。闪电鸟适合作为电系输出核心，急冻鸟的控场能力在联盟战中表现突出，而超梦的超高种族值使其成为全能主力。需注意属性互补，例如洛奇亚可弥补队伍对格斗系的弱势，凤王则能对抗钢系敌人。神兽技能池通常包含4个主动技和1个被动技，急冻鸟的暴风雪、闪电鸟的十万伏特等专属招式需通过等级提升解锁，合理配置技能类型能最大化战斗收益。
游戏后期可通过特殊事件解锁隐藏神兽。吉拉奇需在幽灵塔顶楼通过暗器机关，钢神柱在无人发电站特定区域出现，海皇牙则要用高级钓竿在双子岛垂钓。这些神兽的触发条件较为复杂，建议提前存档避免失误。所有神兽均可重复挑战，若初次捕捉失败，离开区域重新进入即可刷新遭遇。掌握神兽分布规律与战斗机制，能显著提升游戏体验与通关效率。
