最强阵容的构建往往围绕核心角色展开，其中漩涡鸣人、宇智波佐助和春野樱的第七班组合是最经典的搭配之一。鸣人作为主角，拥有强大的螺旋丸、影分身术以及尾兽化能力，尤其在九喇嘛模式下输出和生存能力极强。佐助的写轮眼和须佐能乎提供了高爆发伤害与控制效果，而春野樱的医疗忍术和怪力攻击则确保了团队的续航与辅助能力。这三者的组合在攻防两端都能发挥出色表现，是许多玩家首选的阵容基础。
除了传统的第七班阵容，游戏后期版本中加入了更多强力角色，例如宇智波斑和大筒木辉夜。宇智波斑的轮回眼和完全体须佐能乎使其成为顶尖的输出型角色，而辉夜的空间忍术和查克拉吸收能力则能极大限制对手行动。若将斑或辉夜与鸣人、佐助搭配，可形成更具压制力的阵容。千手柱间作为忍者之神，其木遁和仙术在团队中能提供强大的控场与辅助效果，适合作为阵容的第四或第五成员补充战力。
在竞技场或高难度副本中，合理的阵容搭配还需考虑角色之间的羁绊加成。鸣人与四代目波风水门同时上场可激活父子羁绊，提升攻击力与速度；佐助和鼬的组合则能增强写轮眼技能的暴击率。部分版本中，六道鸣人、六道佐助以及轮回眼卡卡西的终极形态组合也极具统治力，他们的技能联动可造成极高的群体伤害，并附带多种减益效果，适合应对高强度战斗。
对于平民玩家而言，获取SSR级忍者可能有一定难度，但通过合理培养，部分SR角色也能发挥关键作用。自来也的仙术模式、我爱罗的沙遁防御以及旗木卡卡西的雷切，均可作为过渡阵容的核心。游戏中的饰品和装备选择同样重要，灵狐套装可增强奥义伤害，海兽套装则适合提升生存能力，需根据阵容特点灵活搭配。
无论是经典的第七班组合，还是后期加入的六道级忍者，合理利用技能联动与羁绊加成才是取胜关键。玩家可通过实战测试不同阵容的效果，逐步优化自己的战斗体系。
